纯种选育也称本品种选育。它是指在驴的品种内，通过选种、选配和培育不断提高驴群质量及其生产性能的方法.国外许多肉驴品种和国内众多的地方黄驴晶种，都是通过该方法培育而成的；已有的肉驴品种仍然需要继续实行纯种选育制度，以增加肉驴生产效益。肉驴业中，仍需依赖于纯种繁育而提供种驴，以及大量提供肥育用的架子驴。
(一)、纯种选育的条件　一般多在下达情况下进行纯种选育。
1．肉用地方品种该品种具有较一致的体型外貌和较高的生产性能，并具有稳定的遗传性。为进一步提高其生产性能，促使其体型外貌更趋于一致，需采用纯种选育的方法，来巩固和提高某些优良性状的特性。此法也称为良种选育。如我国优良地方品种秦川驴、南阳驴、晋南驴、鲁西驴、延边驴、复州驴、郏县红驴和渤海黑驴等。通过纯种选育，来逐步纠正外貌结构上的一些缺点，提高其生产性能。
2．肉驴优良品种该品种经过人们的培育使其成为专门化肉驴品种，产肉性能很高，具有稳定的遗传性。为了增加群体数量，保持品种特性，不断提高品质，需要有计划的进行纯种选育。如国外肉驴品种夏洛来驴、利木赞驴、安格斯驴、皮埃蒙特驴、西门塔尔驴、海福特驴、短角驴等良种。均需要采用纯种选育的方法，保持纯种、扩大群体，以供推广和杂交育种的需要。
3．肉用地方种该品种虽然经济价值不高，不能完全满足人们的需要，但某些性状及特性，如适应环境能力、抗病力、耐粗饲、生产性能的某方面有一定或较为突出的优点，这就需要在一定的区域内保留其必要的数量，作为杂交育种的基因库。此法也称保种选育。
4．肉用杂交种该杂交种进入到横交固定阶段以后，需要有目的的进行选种选配，卧固定其优良性状，使全群质量进一步提高并趋于整齐。这个阶段的育种工作，虽然不是在一个品种内进行选育，可它和品种内选育的方法相似，这种选育方法也称自群繁育。
(二)、纯种选育群韵交配方式　它主要包括亲缘繁育(近交)和晶系育种两个方面。
亲缘繁育：亲缘繁育是指有亲缘关系的公母驴间的交配组合。近交也称近亲繁殖。反映近亲程度参数是近交系数和亲缘系数。近交系数是表示杂合基因比例降低的一个度量。亲缘繁育既能使某些优良基因纯化，能使某些隐性不利基因纯合而暴露出来，表现为不良性状而成为不良个体，体格变小、体质变弱、生产性能降低,畸形发育等。防止近交衰退的方法是：一是近亲交配只用1次或2次，然后用中亲或远亲交配，以保持其优良性状；二是严格选择，防止有共同缺点的公母驴交配；三是淘汰那些突变型和重新结合的纯合劣质基因型的不良个体。
品系繁育:是育种工作的高级阶段，它是纯种选育常用的一种育种方法。特点是有目的地培育驴群在类型上的差异，以便使畜群的有益性状继续保持和扩大到后代中去。将在某一方面表现突出的个体或类群，用同质选配的方法就可以将该品种这方面的优良性状保持下去。采用此法，在一个品种内建立若干个品系，每个品系都有其特点，以后通过晶系间的结合(杂交)，即可使整个驴群得到很多方面的改良。。